O Bosque Rodrigues Alves mantém um acervo de animais da Amazônia em cativeiro, em liberdade e semi-liberdade. No local é possível encontrar cerca de 430 animais de 29 espécies que vivem em cativeiro e outras 26 em liberdade ou semi-liberdade distribuídas na área de mata.

Entre os animais estão répteis, quelônios aquáticos e terrestres, aves, peixes e mamíferos.

Logo na entrada principal do Bosque Rodrigues Alves é possível encontrar os quelônios aquáticos e terrestres, que incluem Tracajá, Muçuã, Tartarugada Amazônia, Irapuca, Jabuti machado, Peremas, Jabuti de Pé Vermelho e Pé Amarelo. Os jacarés também fazem parte dos animais da área de preservação.

A variedade de aves também encanta os visitantes. Na área de preservação nativa é possível apreciar Araras da espécies Vermelha e Piranga, Papagaios, Jandaias, Marianhinas, Maitaca, Periquitão, Maracanã e a Arara azul grande, espécie ameaçada de extinção. Os peixes como Tambaqui, Apaiari, Jacundá, Acara-pixuna e o Poraquê, conhecido como peixe elétrico, também fazem parte da fauna do Bosque.

Os mamíferos são representados pelos Macacos Prego e Macacos de Cheiro, que são a grande diversão dos visitantes, além do Peixe Boi Amazônico, que é o maior mamífero de água doce das Américas. “Kajuru”, como é chamando carinhosamente pelos funcionários, é um dos principais atrativos para os visitantes do Bosque. Ele é o animal, da espécie, mais antigo que vive em cativeiro e está exposto à visitação pública em zoológicos no Brasil.

O peixe boi da Amazônia encontra-se classificado atualmente, de acordo com dados do Ministério do Meio Ambiente, como espécie ameaçada de extinção, na categoria vulnerável. Na natureza é um indivíduo de hábitos solitários, característica preservada no Jardim Botânico.

De acordo com levantamento realizado no primeiro semestre de 2015, o Bosque Rodrigues Alves possui 435 animais, divididos em mamíferos (3 cativeiros + 8 fauna livre), aves (11 cativeiro+6 fauna livre), répteis (10 cativeiro+7 fauna livre), peixes (5 em cativeiro) e anfíbios (5 em fauna livre).

Atribuições da coordenadoria da fauna:

• Manejo de animais silvestres;
• Censo das espécies livres e em cativeiro;
• Elaboração e monitoramento da nutrição dos animais em cativeiro;
• Enriquecimento ambiental dos recintos;
• Identificação, monitoramento das espécies da fauna em cativeiro;
• Enriquecimento ambiental dos recintos;
• Identificação das espécies da fauna livre;
• Marcação, sexagem e biometria dos animais cativos;
• Elaboração de relatórios e pareceres exigidos pelo órgão fiscalizador;
• Vistorias diárias da fauna em cativeiro;
• Observação dos aspectos etológicos da fauna em cativeiro;
• Desenvolvimento de projetos de educação ambiental voltados à conscientização sobre a importância da manutenção da fauna silvestre, o que inclui monitoramento de trilhas ecológicas;
• Dar aval para atividades e projetos de pesquisa a serem desenvolvidos;